结论前置：员工自离时，工资的扣除需严格遵循劳动法律法规，不得随意克扣。员工有权获得其实际工作期间的工资，但若因未提前通知用人单位而给单位造成经济损失，用人单位可依法要求赔偿，并从工资中合理扣除。以下是对此问题的详细分析：
一、自离与工资支付的基本原则
工资支付义务：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，无论员工是否自离，用人单位都有义务支付其实际工作期间的工资。
劳动合同解除规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条，劳动者提前三十日（或在试用期内提前三日）以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。若劳动者未按规定提前通知而自离，即构成违法解除劳动合同，但这并不影响其获得已工作期间的工资。
二、自离时工资的支付与扣除情况
已提供劳动部分的工资支付：
- 劳动者自离前已经实际提供了劳动的，用人单位应当按照双方约定或公司规定的工资计算方式，支付相应的劳动报酬。例如，若员工在本月工作了10天后自离，用人单位应支付其10天的工资。
- 计算公式：日工资 = 月工资 ÷ 月计薪天数（通常为21.75天），应支付工资 = 日工资 × 实际出勤天数。
因自离给单位造成损失的赔偿：
- 若劳动者的自离行为给用人单位造成了经济损失，如未完成工作交接导致的损失、损坏公司财物等，用人单位可以要求劳动者进行赔偿。
- 赔偿金额的计算应合理，且每月从工资中扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 示例：若员工月工资为5000元，因自离给单位造成2000元损失，单位每月最多可从其工资中扣除1000元（即5000元的20%），若扣除后剩余工资低于当地最低工资标准，则按最低工资标准支付。
其他扣除项目：
- 若员工有未归还的公司财物、借款等，用人单位可依据相关规定进行相应扣除，但需确保合法合规，且扣除金额需合理。
三、特殊情况及争议处理
未签订劳动合同的情况：
- 如果用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。即使员工自离，用人单位仍需按照法律规定支付相应工资及赔偿。
劳动争议的解决途径：
- 若劳动者与用人单位就自离后的工资扣除问题发生争议，可以通过以下途径解决：
- 与用人单位协商；
- 向劳动监察部门投诉；
- 申请劳动仲裁；
- 如仲裁结果不服，可依法提起诉讼。
四、注意事项与建议
- 用人单位：在扣除劳动者工资时，必须严格遵守法律规定，确保扣除的合理性和合法性。同时，应完善公司规章制度，明确自离等情形的处理方式和赔偿标准。
- 劳动者：在离职前应尽可能与用人单位进行充分沟通，并按照法律规定提前通知用人单位，以减少不必要的纠纷。若遇到工资扣除问题，应及时寻求法律援助，维护自己的合法权益。
综上所述，自离时工资的扣除是一个涉及多个法律知识点的复杂问题。在实际操作中，用人单位和劳动者都应严格遵守相关法律法规，确保工资的支付与扣除合法、合理、有序进行。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。