非法扣押车辆证件导致不能营运的损失，可通过提起民事诉讼索赔，而定罪则需由司法机关根据具体情况判定。以下是对此问题的详细分析：

一. 索赔途径

1. 提起民事诉讼：根据《民法典》第二百三十八条，侵害物权，造成权利人损害的，权利人可以依法请求损害赔偿。因此，若非法扣押车辆证件导致车辆无法营运，造成了经济损失，车主有权向法院提起民事诉讼，要求侵权人赔偿相应的损失。

   • 例如，若某物流公司的货车因证件被非法扣押而无法运营，导致公司损失了数万元的运营收入，该公司可向法院起诉要求侵权人赔偿这部分损失。

2. 确定赔偿范围：赔偿范围通常包括因车辆无法营运而产生的直接经济损失，如停运期间的运营收入损失、车辆维护费用等。具体赔偿数额需根据实际情况计算，并可能需要专业评估机构的评估。

二. 定罪问题

1. 可能涉及的罪名：非法扣押车辆证件可能构成非法拘禁罪、侵占罪或破坏生产经营罪等，具体罪名需由司法机关根据案件事实和法律规定来判定。

   • 例如，若某人以非法占有为目的，故意扣押他人车辆证件，导致车辆无法营运，且情节严重，可能构成侵占罪。

2. 定罪条件：定罪需满足一定的条件，包括犯罪主体、犯罪客体、犯罪主观方面和犯罪客观方面。司法机关会综合考虑这些因素，以及案件的具体情节，来判定是否构成犯罪以及构成何种犯罪。

三. 综合建议

• 收集证据：首先，车主应收集相关证据，如车辆证件被扣押的凭证、营运收入记录等，以证明自己的损失和侵权人的行为。
• 提起民事诉讼：在收集到足够证据后，车主可向法院提起民事诉讼，要求侵权人赔偿损失。
• 报警并寻求刑事追究：同时，车主也可向公安机关报案，要求追究侵权人的刑事责任。公安机关会依法进行调查，并根据调查结果决定是否立案侦查。

我建议车主在遭遇此类情况时，应及时咨询专业律师，了解自己的合法权益和维权途径。如有进一步需要，您可以继续咨询我。