在非法营运案件中，扣押车辆的当事人确定主要依据车辆的实际控制人或所有人，具体需结合案件事实和证据综合判断。以下从不同角度详细分析：

1. 车辆所有人作为当事人
   若车辆登记证书、行驶证等法定证件显示车主为自然人或法人，且该主体直接参与非法营运活动（如驾驶车辆载客、收取费用等），则车辆所有人通常被认定为当事人。例如：个人车主亲自驾驶私家车从事非法载客，或企业名下车辆由员工驾驶但收益归企业所有时，企业作为所有人可能被追责。

2. 车辆实际控制人作为当事人
   当车辆所有人与实际使用人分离时，需以实际控制人作为当事人。常见情形包括：

   • 租赁关系：车主将车辆出租给他人，承租人用于非法营运。此时若车主能证明对营运行为不知情（如租赁合同明确禁止营运、无收益分成等），则承租人作为实际控制人承担责任；
     
   • 挂靠关系：个人车辆挂靠于运输企业，但企业未参与营运管理，实际由个人独立从事非法营运的，个人为当事人；
     
   • 借用或无权处分：车辆被他人擅自使用（如盗用、骗租）从事非法营运的，若所有人已尽到合理管理义务（如及时报警、追回车辆等），则实际使用人作为当事人。

3. 共同当事人情形
   若车辆所有人与实际使用人存在共同故意或过失（如车主明知承租人用于非法营运仍出租，或企业允许挂靠车辆以公司名义营运），则二者可能被认定为共同当事人，需承担连带责任。

实务建议：

• 对当事人而言，若车辆被扣押，需立即收集证据证明自身与非法营运行为无关（如租赁合同、挂靠协议、报警记录等），并向执法机关提交书面异议；
  
• 对执法机关而言，扣押车辆时需固定证据（如现场笔录、乘客证言、支付记录等），以明确当事人身份；
  
• 对争议案件，可通过行政复议或行政诉讼程序，由法院或复议机关根据证据规则最终认定当事人。
  

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