公司应当明确回复员工调休申请是否同意，不履行审批义务是不合适的。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 公司的审批义务

1. 劳动合同与规章制度：根据《中华人民共和国劳动法》和相关规定，公司应在其规章制度或劳动合同中明确员工调休的具体条件和审批流程。公司收到员工的调休申请后，有义务按照既定的规章制度或劳动合同进行审批。
2. 及时回应：为了保障员工的合法权益，维护良好的劳动关系，公司应当在合理的时间内对员工的调休申请作出明确回复，无论是同意还是不同意，都应给出具体的理由。

二. 不履行审批的后果

1. 劳动关系紧张：如果公司长时间不履行审批义务，可能会导致员工对公司的管理制度产生质疑，进而引发劳动关系紧张，甚至可能导致劳动纠纷。
2. 法律责任：在极端情况下，如果公司的行为被认定为违反了劳动法律法规，还可能面临相应的法律责任。

三. 实际操作建议

1. 明确制度：公司应确保规章制度或劳动合同中明确规定了调休的申请条件和审批流程，以便员工和公司都能有据可依。
2. 及时审批：收到员工的调休申请后，公司应尽快进行审批，并在合理的时间内给出明确回复。
3. 沟通解释：如果调休申请不符合公司规定，公司应耐心向员工解释原因，并提供合理的建议或解决方案。

综上所述，公司应当对员工的调休申请进行及时、明确的审批，并给出同意或不同意的回复。这样做不仅有助于维护良好的劳动关系，还能避免潜在的法律风险。如有进一步需要，您可以继续咨询我。