一般由承包单位开具发票。以下是对此问题的详细分析：

1. 合同关系与发票开具：

   • 在建设工程施工合同中，承包单位是与发包单位（通常是建设单位或业主）签订合同的主体，负责工程的实施，并有权根据合同约定领取工程款。
   • 发票是交易双方确认交易完成的凭证，也是财务和税务处理的重要依据。因此，按照合同关系和财税规定，应由承包单位向发包单位开具工程款发票。

2. 实际施工人的角色：

   • 实际施工人可能是承包单位内部的施工队伍，也可能是承包单位分包或转包给其他施工队伍的个人或组织。
   • 无论实际施工人的身份如何，他们通常是以承包单位的名义进行施工和领取工程款，这意味着他们并不直接与发包单位发生合同关系。
   • 因此，实际施工人领取工程款后，应由承包单位根据领款情况向发包单位开具发票。

3. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国发票管理办法》及其实施细则，发票的开具应当遵循真实、合法、有效的原则，并与实际交易情况相符。
   • 在建设工程施工合同中，承包单位是合同的一方当事人，有权根据合同约定领取工程款并开具发票。
   • 实际施工人虽然可能参与施工并领取工程款，但并非合同的当事人，因此无权直接开具发票。

综上所述，实际施工人以承包单位的名义领取工程款后，应由承包单位根据领款情况向发包单位开具发票。这是基于合同关系、财税规定以及发票管理办法的明确要求。如果你在这方面还有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时告诉我。