三人合伙开店，其中两人有底薪的情况，并不直接涉及合法性问题，而是取决于合伙协议的具体约定。以下是详细分析：

1. 合伙协议的约定：

   • 合伙开店时，合伙人之间应签订合伙协议，明确各自的权利、义务和分配方式。
   • 如果合伙协议中明确约定了其中两人有底薪，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种约定是合法的。
   • 底薪的数额、支付方式、时间等也应在合伙协议中明确。

2. 合伙经营的灵活性：

   • 合伙经营具有较大的灵活性，合伙人可以根据实际情况协商确定经营方式和分配方式。
   • 因此，是否有底薪、底薪的多少等，都是合伙人之间可以协商确定的事项。

3. 可能存在的风险：

   • 如果合伙协议中没有明确约定底薪，或者底薪的约定存在歧义，可能会引发合伙人之间的纠纷。
   • 如果底薪的约定过高，可能会对其他合伙人造成不公平，影响合伙关系的稳定。

4. 建议：

   • 在合伙开店前，应充分协商并签订详细的合伙协议，明确各自的权利、义务和分配方式。
   • 如果对合伙协议的内容有疑问或不确定，可以寻求专业律师的帮助进行审查和修改。

综上所述，三人合伙开店其中两人有底薪并不直接涉及合法性问题，关键在于合伙协议的具体约定。因此，在合伙开店时，应重视合伙协议的签订和内容的明确性，以避免可能的纠纷和风险。