二人合伙协议合同开商店是合法的。在法律上，只要合伙协议的内容不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗，且双方自愿、平等地签订，那么该合伙协议就是合法有效的。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：

一、法律基础

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体可以依法设立民事法律关系，包括合伙关系。合伙协议作为设立合伙关系的法律文件，只要其内容合法、双方自愿签订，就具有法律效力。因此，二人签订合伙协议合同开商店，在法律上是得到认可的。

二、合伙协议的关键要素

为了确保合伙协议的合法性和有效性，以下是一些关键要素应当包含在协议中：

1. 合伙人信息：明确记录甲乙双方的姓名、身份证号码、联系方式及现住址，确保身份信息的准确性和可追溯性。
2. 出资方式与期限：详细说明甲乙双方各自的出资方式（如现金、实物、技术等）、出资数额与比例，以及出资到位的具体时间。
3. 合伙期限与事务执行：约定合伙经营的起止时间，以及期满后的延续或终止条件。同时，确立合伙事务的执行机制，包括日常管理的分工、重大决策的共同协商等。
4. 利润分配与亏损分担：规定利润分配的周期、比例和方式，以及亏损时的承担比例和方式。这有助于确保双方在经营过程中的权益得到保障。
5. 入伙、退伙与出资转让：设定新合伙人加入的条件、程序和权利义务，以及退伙的情形、程序、清算方式和财产分配。同时，规定出资转让的规则、限制和优先受让权。
6. 禁止行为：列出合伙人不得从事的行为，如私自以合伙名义进行业务活动、经营同类竞争业务等，以保护合伙体的整体利益。
7. 违约责任与争议解决：规定违反协议时应承担的责任和赔偿方式，以及争议解决的方式（如友好协商、调解、仲裁或诉讼等）。

三、实际操作建议

1. 充分沟通：在签订合伙协议前，双方应充分沟通，明确各自的权利和义务，以及合伙经营的目标和愿景。这有助于减少后续经营过程中的矛盾和纠纷。
2. 咨询专业律师：虽然我作为律师已经给出了详细的建议，但在实际操作中，由于每个合伙项目的具体情况都有所不同，因此建议双方在签订合伙协议前咨询专业律师。律师可以根据法律法规和实际情况，为双方量身定制合法、有效的协议条款。
3. 定期审查与更新：随着合伙经营的发展和市场环境的变化，合伙协议可能需要定期审查和更新。这有助于确保协议始终符合法律法规的要求，并适应合伙经营的实际需要。

四、可能面临的法律风险及防范

1. 出资不实或未到位：如果一方或双方未按协议约定出资或出资不实，可能导致合伙经营受阻或引发纠纷。因此，建议在协议中明确出资方式和期限，并设立相应的违约责任条款。
2. 利润分配不均：如果利润分配方式不明确或不合理，可能导致双方在经营过程中产生矛盾。因此，建议在协议中明确利润分配的周期、比例和方式。
3. 退伙与转让纠纷：如果退伙或转让程序不明确或不合理，可能导致合伙企业的不稳定或引发纠纷。因此，建议在协议中明确退伙与转让的条件、程序和财产分配方式。

总结与建议：二人合伙协议合同开商店是合法的，但为了确保合伙经营的顺利进行和双方权益的保障，建议双方在签订合伙协议前充分沟通、咨询专业律师，并确保协议内容全面、合法、有效。如果在合伙经营过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询。