在公司起诉员工私盖公章但不能提供充分证据的情况下，法院可能会判决公司败诉。以下是对此问题的详细分析：

一. 证据不足的影响

1. 举证责任：在民事诉讼中，原告（即公司）承担举证责任，需要提供充分的证据来证明其主张的事实。若公司无法提供充分证据证明员工私盖公章的行为，则将承担举证不能的后果。
2. 法院判决依据：法院在判决时会依据双方提供的证据进行综合判断。若公司证据不足，法院无法确认员工是否存在私盖公章的行为，因此可能会判决公司败诉。

二. 可能的法律后果

1. 公司败诉：由于证据不足，法院可能会驳回公司的诉讼请求，即判决公司败诉。这意味着公司无法通过法律途径追究员工私盖公章的责任。
2. 员工权益保护：在员工被无端指控的情况下，若公司无法提供充分证据，员工的名誉和权益将得到保护，无需承担不必要的法律责任。

三. 我的建议

• 加强内部管理：公司应加强对公章等重要物品的管理，建立严格的审批和使用流程，防止类似事件再次发生。
• 完善证据收集：在发现员工可能存在私盖公章等行为时，公司应及时收集并保存相关证据，以便在必要时通过法律途径维护自身权益。
• 考虑和解或调解：在证据不足的情况下，公司可以考虑与员工进行和解或调解，以避免不必要的法律纠纷和损失。

综上所述，在公司起诉员工私盖公章但不能提供充分证据的情况下，法院很可能会判决公司败诉。因此，公司应加强内部管理，完善证据收集，并在必要时考虑和解或调解以维护自身权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。