法庭会依据证据规则，判决因证据不足，指控不成立。具体分析如下：
一. 证据不足的法律后果
在刑事诉讼和民事诉讼中，证据都是法院裁判的重要依据。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十五条：“对一切案件的判处都要重证据，重调查研究，不轻信口供。只有被告人供述，没有其他证据的，不能认定被告人有罪和处以刑罚；没有被告人供述，证据确实、充分的，可以认定被告人有罪和处以刑罚。”这意味着，如果指控员工挪用公章的证据不足，法庭将无法认定该员工有罪。
二. 法庭的宣判原则
疑罪从无原则：在刑事诉讼中，法庭秉承疑罪从无的原则。即如果检方提供的证据不足以证明被告人有罪，法庭将判决被告人无罪。这一原则旨在保护被告人的合法权益，避免因证据不足而导致的错判。
民事案件中的证据规则：在民事诉讼中，双方当事人都需要提交证据来支持自己的主张。如果一方当事人无法提供足够的证据来证明自己的主张，那么法庭将可能不支持该主张。在指控员工挪用公章的民事案件中，如果原告无法提供足够的证据，法庭将可能判决原告败诉。
三. 证据不足的处理建议
内部调查与证据收集：虽然直接证据可能不足，但公司仍可以通过内部调查来收集间接证据，如员工行为异常、相关文件被篡改等，以支持自己的主张。这些间接证据虽然不能单独证明员工挪用公章，但可以为法庭提供额外的参考。
加强公章管理：为了防止类似事件的再次发生，公司应加强公章的管理和使用规定，确保公章的使用符合规范。例如，可以规定公章的使用范围和权限，设置公章使用记录等。
法律途径：如果公司认为员工的行为涉嫌犯罪，仍可以向公安机关报案。由公安机关进行调查，并视情况决定是否立案。如果公安机关不立案，公司还可以向人民检察院提出申请，要求公安机关说明不立案的理由。
我的观点：在指控员工挪用公章但证据不足的情况下，法庭将依据证据规则判决指控不成立。然而，这并不意味着公司无法追究员工的责任。公司仍可以通过内部调查、加强公章管理以及法律途径等多种手段来维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。