当面临员工挪用公款却没有直接证据的情况时，处理起来确实需要谨慎和细致。以下是一些建议，希望能帮助您有效应对这一问题：
一、初步线索收集
首先，您可以尝试自行收集一些初步线索，这些线索虽然可能不是直接证据，但能为后续的调查提供方向。具体方法包括：
- 审查财务账目：仔细查看涉及款项的财务账目，特别是异常的资金流动、不合逻辑的收支明细等。
- 检查银行记录：获取涉及款项往来的银行记录，分析资金的进出情况，看是否有异常交易。
- 关注相关合同与协议：检查与公款相关的合同和协议，看是否有违规操作或异常条款。
- 留意视听资料：如监控录像、聊天记录等，这些可能包含公款挪用的间接证据。
二、向专业机关举报
如果自行收集线索困难或不足以证明挪用公款行为，您可以向有管辖权的监察机关或司法机关举报。在举报时，应详细说明怀疑理由和已掌握的线索，由专业机关运用法定的调查手段进行深入调查。这些手段包括询问证人、查询银行账户、调取财务资料等。
三、注意事项
- 实事求是：举报时应确保所提供的信息真实可靠，不得故意捏造事实或虚假举报，否则可能承担法律责任。
- 合法合规：在收集证据的过程中，必须遵守法律法规，不得采取非法手段获取证据，否则证据可能不被认可。
- 保护隐私：在调查过程中，应注意保护相关人员的隐私和合法权益，避免不必要的纠纷。
四、后续处理
- 等待调查结果：一旦向专业机关举报，就需要耐心等待其调查结果。如果调查发现确实存在挪用公款行为，将依法进行处理。
- 内部整改：无论调查结果如何，都应对公司内部的财务管理制度进行审查和整改，加强内部控制和监督，防止类似事件再次发生。
总之，面对员工挪用公款却没有直接证据的情况，应保持冷静和理性，通过合法途径收集线索并向专业机关举报。同时，加强公司内部管理，确保财务安全。