对于水利工程违法分包，将责令改正，没收违法所得，并处罚款，同时可以责令停业整顿，降低资质等级；情节严重的，还将吊销资质证书，并且违法分包的单位需对因违法分包导致的工程质量问题承担连带赔偿责任。具体分析如下：

一. 处理措施

1. 责令改正与罚款：根据《中华人民共和国建筑法》第六十七条，承包单位违反规定进行分包的，将被责令改正，没收违法所得，并处罚款。这是违法分包行为最直接的法律后果，旨在通过经济处罚和行政干预，纠正违法行为。
2. 停业整顿与降低资质：除了经济处罚，违法分包的单位还可能面临停业整顿和降低资质等级的处罚。这些措施旨在进一步打击违法分包行为，保护水利工程的合法合规进行。
3. 吊销资质证书：在情节严重的情况下，违法分包的单位可能会被吊销资质证书。这是最为严厉的处罚措施，意味着该单位将失去从事水利工程建设的资格。

二. 连带赔偿责任

• 违法分包的单位不仅面临上述行政处罚，还需对因违法分包导致的工程质量问题承担连带赔偿责任。这意味着，如果因违法分包导致水利工程出现质量问题，违法分包的单位需与接受分包的单位共同承担赔偿责任。

三. 特殊情境说明

• 虽然问题中特别提到了“水利工程”，但违法分包的处理措施并不因工程类型的不同而有所区别。无论是水利工程还是其他类型的建设工程，违法分包都将受到相同的法律制裁。

我建议，对于水利工程违法分包行为，应坚决予以打击，并依法追究相关责任人的法律责任。同时，也应加强监管力度，提高违法成本，以儆效尤。如有进一步需要，您可以继续咨询我。