水利工程施工企业违法分包行为主要由建设行政主管部门负责查处。以下是对这一问题的详细解析：
一、查处主体及其职责
建设行政主管部门
- 主要查处机关：各级住房和城乡建设主管部门是负责查处水利工程施工企业违法分包行为的主要行政机关。它们依据《中华人民共和国建筑法》《建设工程质量管理条例》《房屋建筑和市政基础设施工程施工分包管理办法》等法律法规，对本行政区域内的建设工程施工分包活动实施监督管理。
- 具体职责：
- 开展市场巡查、项目检查，核实是否存在违法分包情形。
- 对查实的违法分包行为，依法责令整改，并给予行政处罚，如罚款、没收违法所得等。
- 对严重违规单位，可能采取市场准入限制措施，如取消投标资格、降低或吊销资质证书等。
其他相关部门
- 在特定情况下，如违法分包行为涉及其他领域（如安全生产、环境保护等），相关主管部门（如安全生产监督管理部门、环境保护部门等）也可能依据各自职责参与查处。
二、违法分包的认定标准
根据《建设工程质量管理条例》第七十八条和《建筑工程施工转包违法分包等违法行为认定查处管理办法（试行）》第九条，水利工程施工企业违法分包行为主要包括以下几种情形：
- 总承包单位将建设工程分包给不具备相应资质条件的单位。
- 建设工程总承包合同中未有约定，又未经建设单位认可，承包单位将其承包的部分建设工程交由其他单位完成。
- 施工总承包单位将建设工程主体结构的施工分包给其他单位（钢结构工程除外）。
- 分包单位将其承包的建设工程再分包。
- 施工单位将工程分包给个人。
- 专业分包单位将其承包的专业工程中非劳务作业部分再分包。
- 劳务分包单位将其承包的劳务再分包。
- 劳务分包单位除计取劳务作业费用外，还计取主要建筑材料款、周转材料款和大中型施工机械设备费用。
三、查处流程与法律后果
查处流程：
- 建设行政主管部门在接到举报、投诉或自行发现违法分包行为后，将依法进行调查取证。
- 对查实的违法分包行为，将依法作出行政处罚决定，并责令违规单位立即停止违法行为，采取有效措施进行整改。
- 违规单位需在规定期限内完成整改，并接受建设行政主管部门的复查。
法律后果：
- 违法分包行为将受到行政处罚，包括罚款、没收违法所得等。
- 严重违规单位可能面临市场准入限制，如取消投标资格、降低或吊销资质证书等。
- 若违法分包行为导致工程质量问题或安全事故，相关责任人还需承担刑事责任和民事责任。
四、建议与预防措施
- 加强内部管理：水利工程施工企业应建立健全内部管理制度，明确分包范围和条件，加强分包单位资质审核和合同管理。
- 提高法律意识：企业应加强对相关法律法规的学习和宣传，提高员工的法律意识和合规意识。
- 加强监管与自律：建设行政主管部门应加强对水利工程施工分包活动的监管力度，定期开展监督检查和专项治理行动。同时，企业也应加强自律，自觉遵守法律法规和合同约定。
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