工程分包违法主要由以下部门处理，具体依据工程项目类型而定：
住房和城乡建设主管部门：
- 监管范围：作为工程建设活动的主要监督管理部门，住房和城乡建设主管部门对各类房屋建筑和市政基础设施工程中的违法分包行为具有全面的监管职责。无论是住宅楼、商业综合体还是市政道路等项目，若出现违法分包，该部门都将介入调查处理。
- 处罚措施：依据《建设工程质量管理条例》第六十二条，对于承包单位将承包的工程违法分包的行为，住房和城乡建设主管部门可责令改正，没收违法所得，并处以工程合同价款百分之零点五以上百分之一以下的罚款；情节严重时，还可责令停业整顿，降低资质等级，甚至吊销资质证书。
交通运输主管部门：
- 监管范围：负责公路、水运等交通建设工程中的违法分包行为监管。在公路桥梁、港口码头、航道整治等项目中，若出现违法分包，交通运输主管部门将负责调查处理。
- 处罚依据：根据《公路建设市场管理办法》等相关规定，违法分包行为将面临10万元以上50万元以下的罚款；情节严重者，将被限制1年至2年内不得进入公路建设市场。
水利主管部门：
- 监管范围：承担水利工程建设项目的监督管理职责，包括水库、河道治理、灌溉工程等项目中的违法分包现象。
- 处罚措施：依据《水利建设市场主体信用信息管理办法》等相关规定，违法分包主体将受到信用惩戒等处理，并可能面临罚款、责令整改等具体行政处罚。
投诉与处理流程：
- 投诉准备：若发现违法分包行为，应尽可能收集详细的证据材料，包括但不限于分包合同、施工记录、支付凭证、相关人员的证言等。这些材料将有助于监管部门快速了解案情，准确开展调查工作。
- 投诉渠道：根据工程项目类型，向相应的监管部门投诉。若不确定具体投诉部门，可先电话咨询当地住房和城乡建设部门或其他相关部门，他们将提供详细的投诉指引。
- 处理结果：监管部门在接到投诉后，将依法进行调查处理。对于确认的违法分包行为，将依据相关法律法规给予严厉的处罚，包括罚款、责令停业整顿、降低资质等级、吊销资质证书等。
法律后果与意义：
- 法律后果：违法分包行为不仅可能导致施工单位面临严厉的行政处罚，还可能因工程质量问题承担民事赔偿责任。若因违法分包导致重大安全事故，相关责任人员还可能面临刑事责任的追究。
- 社会意义：打击违法分包行为有助于维护建筑市场的公平竞争秩序，保障工程质量，保护人民群众的生命财产安全。同时，也有助于推动法治社会建设，提升法律意识和法治水平。
建议：
- 各施工单位应严格遵守相关法律法规，避免违法分包行为的发生。
- 若发现违法分包行为，应积极向相关部门投诉，并提供充分证据材料，以共同维护建筑市场的健康有序发展。
- 在进行工程建设活动时，建议咨询专业律师或相关机构，以确保工程建设的合法性和合规性。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。