水利工程违法转包的责任主体主要包括违法转包的承包单位，以及可能涉及的实际施工单位，具体责任需根据违法转包的具体情形和后果来确定。以下从多个角度对这一问题进行详细分析：
一、违法转包的责任主体
承包单位：
- 承包单位是违法转包行为的直接实施者，根据《中华人民共和国建筑法》、《中华人民共和国招标投标法》以及《建设工程质量管理条例》等法律法规的规定，承包单位不得将其承包的全部工程转包给他人，或肢解后以分包名义分别转包。若承包单位违反这些规定，将承担相应的法律责任。
实际施工单位：
- 在违法转包的情况下，实际施工单位可能并未与发包方签订合同，而是与承包单位存在转包关系。虽然实际施工单位并非合同相对方，但如果其参与了违法转包行为，且该行为导致了工程质量问题或安全事故，实际施工单位也可能需要承担一定的法律责任。
二、违法转包的认定标准
根据《水利工程施工转包违法分包等违法行为认定查处管理暂行办法》及相关法律法规，以下情形被认定为违法转包：
- 施工单位将全部工程转给其他单位或个人施工。
- 施工总承包单位或专业承包单位将工程肢解后，以分包名义分别转给其他单位或个人施工。
- 施工现场未设立项目管理机构或未派驻主要管理人员，不履行管理义务。
- 只向实际施工单位收取费用，而主要建筑材料、构配件及工程设备的采购由实际施工单位自行负责。
- 通过合作、联营、个人承包等形式直接或变相地将全部工程转给其他单位或个人施工。
三、违法转包的法律责任
行政责任：
- 相关部门将责令违规单位立即停止违法行为，并采取有效措施进行整改。
- 对违规单位进行罚款、没收违法所得等行政处罚。
- 严重违规单位可能面临投标资格取消、资质等级降低甚至吊销资质证书等限制。
民事责任：
- 若违法转包行为导致工程质量问题或安全事故，承包单位和实际施工单位可能需要承担民事赔偿责任，包括赔偿损失、修复工程等。
刑事责任：
- 在极端情况下，如果违法转包行为导致了严重的后果，如重大安全事故或人员伤亡，相关责任人可能还需要承担刑事责任。
四、实际案例与法律建议
实际案例：
- 例如，某承包单位中标某水利工程后，未实际组织施工，而是将整个工程转给另一家无资质的单位施工。结果，该工程因施工质量问题导致严重后果。在此情况下，承包单位和实际施工单位均需承担相应的法律责任。
法律建议：
- 承包单位应严格遵守法律法规，不得将其承包的全部工程转包给他人。
- 承包单位在选择分包单位时，应确保分包单位具备相应的资质和能力。
- 承包单位应派驻主要管理人员到施工现场，履行管理义务。
- 若发现违法转包行为，相关部门应及时进行查处，以维护水利工程建设的正常秩序和公共利益。
综上所述，水利工程违法转包的责任主体主要包括违法转包的承包单位以及可能涉及的实际施工单位。为避免法律风险，承包单位应严格遵守相关法律法规，确保工程建设的合法性和合规性。如果您在水利工程领域遇到任何法律问题，可以直接向我咨询。