水利工程中发现的非法转包行为，应向水利部门（如水利局）进行投诉或举报。以下是详细分析：

一、水利部门是水利工程的主要监管部门

水利部门，如水利局，负责水利工程建设市场的监管工作。这包括监督水利工程的发包、承包行为是否合法合规，以及对非法转包等违规行为进行查处。因此，当发现水利工程中存在非法转包现象时，向水利部门投诉或举报是直接且有效的途径。

二、非法转包的认定标准

根据《水利工程施工转包违法分包等违法行为认定查处管理暂行办法》及相关法律法规，以下情形被认定为违法转包：

1. 施工单位将全部工程转给其他单位或个人施工。
2. 施工总承包单位或专业承包单位将工程肢解后，以分包名义分别转给其他单位或个人施工。
3. 施工现场未设立项目管理机构或未派驻主要管理人员，不履行管理义务。
4. 只向实际施工单位收取费用，而主要建筑材料、构配件及工程设备的采购由实际施工单位自行负责。
5. 劳务分包单位承包范围是整个工程，且计取的是除“管理费”外的全部工程价款。
6. 通过合作、联营、个人承包等形式直接或变相地将全部工程转给其他单位或个人施工。
7. 法律法规规定的其他转包行为。

三、投诉或举报前的准备工作

在向水利部门投诉或举报前，请务必收集并保留好相关证据，如合同、图纸、交易记录等能证明非法转包的材料。这些证据将有助于水利部门更好地处理你的投诉或举报，并维护你的合法权益。同时，确保你的投诉或举报内容真实可靠，以免承担不必要的法律责任。

四、其他可能的投诉或举报渠道

虽然水利部门是水利工程非法转包的主要监管部门，但在某些情况下，你也可以考虑向其他相关部门投诉或举报：

1. 住房和城乡建设部门（住建局/建设局）：如果非法转包行为同时涉及建筑工程领域，且住建局对相关工程有监管职责，你也可以向住建局投诉。
2. 发展和改革部门（发改委）：如果非法转包行为涉及到招投标环节的违规，可向发改委反映情况。发改委负责指导和协调本地区招投标工作，对重大建设项目建设过程中的工程招投标活动实施监督检查，并有权对违规行为进行调查处理。
3. 工程质量监督机构：如果非法转包行为涉及工程质量问题，你还可以向工程质量监督机构举报。
4. 纪检监察机关：若你认为存在行贿受贿等腐败问题，则应向纪检监察机关反映。

五、法律后果与预防措施

对于违法转包行为，相关部门将采取严格的管理和处罚措施，包括责令整改、行政处罚、市场准入限制以及法律责任追究等。为有效预防和打击此类违法行为，应建立并健全监管机制、完善制度体系、强化信用管理以及加强宣传教育等。

如果你在水利工程中发现了非法转包行为，建议首先向水利部门投诉或举报。同时，你也可以根据具体情况考虑向其他相关部门反映情况。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。