针对水利工程中违法转包的问题，处理方式主要依据相关法律法规进行，以下是对此问题的详细解答：
一、违法转包的认定
违法转包通常指的是承包单位将承包的工程转包给不具备相应资质条件的单位或个人施工。这种行为违反了《建设工程质量管理条例》及相关水利工程建设管理规定中关于禁止转包和违法分包的规定。例如，总承包单位将建设工程分包给不具备相应资质条件的单位，或者承包人将工程分包给不具备相应资质或安全生产许可的单位或个人施工，均被视为违法转包。
二、违法转包的处理依据
处理违法转包行为的主要法律依据包括：
《中华人民共和国建筑法》：该法第六十七条规定，承包单位将承包的工程转包的，或者违反本法规定进行分包的，责令改正，没收违法所得，并处罚款，可以责令停业整顿，降低资质等级；情节严重的，吊销资质证书。
《中华人民共和国招标投标法》：该法第五十八条及其实施条例第七十六条规定，中标人将中标项目转让给他人，或者违法分包的，转让、分包无效，处转让、分包项目金额一定比例的罚款；有违法所得的，并处没收违法所得；可以责令停业整顿；情节严重的，由工商行政管理机关吊销营业执照。
《建设工程质量管理条例》：该条例第六十二条明确规定，承包单位将承包的工程转包或者违法分包的，责令改正，没收违法所得，并对勘察、设计单位和施工单位处以相应罚款；可以责令停业整顿，降低资质等级；情节严重的，吊销资质证书。
水利工程建设相关规章：如《水利工程质量管理规定》、《水利工程建设监理规定》等，也均对违法转包行为作出了相应的处罚规定。
三、违法转包的处理流程
立案调查：水利行政主管部门或流域管理机构在发现违法转包行为后，会进行立案调查，收集相关证据。
调查核实：执法人员会对涉嫌违法的行为进行进一步调查核实，包括询问相关人员、查阅合同文件等。
作出处罚决定：根据调查结果，水利行政主管部门或流域管理机构会依据相关法律法规作出处罚决定，如责令改正、没收违法所得、处以罚款等。
执行处罚：被处罚单位应自动履行处罚决定，如缴纳罚款等。同时，处罚结果会在相关平台上进行公示。
四、案例分析
以辽宁省阜新市水利局对某有限公司违法分包行为行政处罚案为例，该公司在未具备相应资质的情况下将工程分包给某劳务服务公司，被阜新市水利局立案调查并最终处以罚款。此案例充分说明了水利行政主管部门对违法转包行为的零容忍态度，以及依法进行处罚的决心。
五、建议与预防
为避免违法转包行为的发生，建议水利工程建设单位：
严格遵守相关法律法规，不进行违法转包或分包。
在选择分包单位时，务必核实其资质和安全生产许可情况。
加强内部管理，建立健全工程管理制度，确保工程建设合法合规进行。
综上所述，水利工程中违法转包行为将受到严厉的处罚。各相关单位应严格遵守法律法规，确保水利工程建设的质量和安全。