关于水利工程违法转包分包的认定办法，主要依据的是水利部印发的《水利工程施工转包违法分包等违法行为认定查处管理暂行办法》。以下是对该办法中关于违法转包和分包认定的详细解读：
一、转包的认定
转包，是指施工单位承包工程后，不履行合同约定的责任和义务，将其承包的工程全部转给他人施工的行为。根据《暂行办法》，具有下列情形之一的，将被认定为转包：
- 承包人将其承包的全部工程转给其他单位或个人施工的；
- 承包人将其承包的全部工程肢解以后以分包的名义转给其他单位或个人施工的；
- 承包人将其承包的全部工程以内部承包合同等形式交由分公司施工，但分公司成立未履行合法手续的；
- 采取联营合作等形式的承包人，其中一方将应由其实施的全部工程交由联营合作方施工的；
- 全部工程由劳务作业分包单位实施，劳务作业分包单位计取报酬是除上缴给承包人管理费之外全部工程价款的；
- 承包人未设立现场管理机构的；
- 承包人未派驻项目负责人、技术负责人、财务负责人、质量管理负责人、安全管理负责人等主要管理人员，或者派驻的上述人员中全部不是本单位人员的；
- 承包人不履行管理义务，只向实际施工单位收取管理费的；
- 法律法规规定的其他转包行为。
二、违法分包的认定
违法分包，是指施工单位承包工程后违反法律法规规定或者施工合同关于分包的约定，把部分工程或劳务作业分包给其他单位或个人施工的行为。根据《暂行办法》，具有下列情形之一的，将被认定为违法分包：
- 承包人将工程分包给不具备相应资质或安全生产许可的单位或个人施工的；
- 施工合同中没有约定，又未经项目法人书面同意，承包人将其承包的部分工程分包给其他单位施工的；
- 承包人将主要建筑物的主体结构工程分包的；
- 工程分包单位将其承包的工程中非劳务作业部分再分包的；
- 劳务作业分包单位将其承包的劳务作业再分包的；
- 劳务作业分包单位除计取劳务作业费用外，还计取主要建筑材料款和大中型机械设备费用的；
- 承包人未与分包人签订分包合同，或分包合同未遵循承包合同的各项原则，不满足承包合同中相应要求的；
- 法律法规规定的其他违法分包行为。
三、查处与管理
项目法人及监理单位发现施工单位有转包、违法分包等违法行为的，应立即制止、责令改正、督促履行合同并及时向相关水行政主管部门报告。承包人发现分包单位有类似违法行为，也应立即制止并报告。同时，任何单位和个人发现这些违法行为，均可向相关水行政主管部门进行举报。
各级水行政主管部门应加大执法力度，对发现的违法行为依法进行调查、认定和处罚。水利部将处罚记录记入单位或个人信用档案，并列入失信黑名单，在全国水利建设市场信用信息平台向社会公示。
综上所述，水利工程违法转包分包的认定办法主要依据《水利工程施工转包违法分包等违法行为认定查处管理暂行办法》，该办法详细规定了转包和违法分包的具体情形以及查处管理措施。