关于“合作合同的保底休息扣钱是否合法”的问题，这主要取决于合同的具体条款以及相关法律法规的规定。以下是我的详细分析：

首先，明确结论： 合作合同中关于保底休息扣钱的规定是否合法，需根据合同内容、劳动法规以及双方约定来判断。若合同内容违反法律法规或显失公平，则该条款可能无效。

接下来，从多个角度进行分析：

1. 合同内容审查：

   • 保底休息通常指的是合同中约定的员工在一定时间内应享有的最低休息时间。若合同明确规定在保底休息期间扣钱，需审查该条款是否合理、合法。
   • 若该条款违反了《劳动法》中关于工作时间、休息休假等强制性规定，或存在显失公平的情况，如扣款金额过高、不合理等，则该条款可能无效。

2. 劳动法规考量：

   • 根据《劳动法》及相关规定，员工享有休息休假的权利，且用人单位不得随意克扣员工工资。
   • 因此，若合作合同中的保底休息扣钱条款违反了上述规定，将可能面临法律风险。

3. 双方约定与实际情况：

   • 合同的签订应基于双方平等、自愿的原则。若员工在签订合同时被迫接受不合理的保底休息扣钱条款，该条款的合法性将受到质疑。
   • 同时，需考虑实际履行情况。若员工在保底休息期间被扣钱，且扣款行为未经员工同意或未事先告知，将可能构成违法扣款。

综上所述： 合作合同中关于保底休息扣钱的规定是否合法，需综合考虑合同内容、劳动法规以及双方约定等多个因素。若该条款存在违法或显失公平的情况，员工有权向相关部门投诉或寻求法律援助。因此，在签订合同时，双方应仔细审查合同条款，确保其内容合法、合理。如有任何疑问或争议，建议及时咨询专业律师以获取更准确的法律意见。