结论：是否合法需分情况讨论，主要取决于协议的具体内容、公司规章制度以及是否违反法律法规的强制性规定。以下从不同角度进行分析：
协议内容明确约定：
- 如果协议中明确规定了“逢周六周日休息，且休息日不扣钱”，那么公司扣钱的行为显然违反了协议约定，是不合法的。员工有权依据协议内容要求公司停止扣钱，并可能要求公司赔偿因此造成的损失。
协议内容未明确约定，但公司规章制度有规定：
- 如果协议中没有明确约定休息日是否扣钱，但公司的规章制度中有相关规定，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照规章制度扣钱可能是合法的。但前提是，该规章制度必须经过民主程序制定，且已向员工公示或告知。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条：“用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。”
协议和公司规章制度均无规定，但公司单方面扣钱：
- 如果协议和公司规章制度中均没有关于休息日是否扣钱的规定，公司单方面扣钱的行为可能缺乏合法依据。员工有权要求公司说明扣钱的理由，并可能要求公司返还被扣的钱款。
- 特殊情况：如果公司能够证明扣钱是因为员工在休息日造成了公司损失（如设备损坏、客户投诉等），且该损失与员工的行为有直接因果关系，那么公司可能有权要求员工赔偿。但这种情况下，公司需要承担举证责任，证明损失的存在以及与员工行为的因果关系。
违反法律法规的强制性规定：
- 无论协议或公司规章制度如何规定，如果扣钱的行为违反了法律法规的强制性规定（如最低工资标准、加班费支付等），那么该行为必然是不合法的。员工有权向劳动监察部门投诉，要求公司纠正违法行为，并可能要求公司支付赔偿金。
建议：
- 首先，仔细审查协议和公司规章制度中关于休息日是否扣钱的规定。
- 其次，如果公司扣钱的行为缺乏合法依据或违反了法律法规的强制性规定，可以与公司进行协商，要求公司停止扣钱并返还被扣的钱款。
- 最后，如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
后续行动：
- 如有需要，可以进一步向我咨询具体的法律程序和操作步骤。
- 在处理此类纠纷时，建议保留好相关证据（如协议、公司规章制度、工资条、扣钱通知等），以便在需要时提供证明。