个体工商户老板与运输司机签订车辆承包协议后，司机与个体工商户之间一般不存在劳动关系。下面我从几个角度详细分析这个问题：
劳动关系的本质：
- 劳动关系是指用人单位与劳动者之间，依法所确立的劳动过程中的权利义务关系。它通常包含用人单位对劳动者的管理、指挥、监督等要素，以及劳动者提供劳动并获取报酬的对应关系。
车辆承包协议的性质：
- 车辆承包协议本质上是一种民事合同，它约定了个体工商户（发包方）与运输司机（承包方）之间关于车辆使用、运营、收益分配等权利义务关系。这种协议更侧重于经济利益的分配，而非劳动关系的建立。
劳动关系的判断标准：
- 在实践中，判断是否存在劳动关系，通常会考虑以下几个因素：用人单位是否对劳动者进行劳动管理、是否支付劳动报酬、劳动者是否提供的有偿劳动是用人单位业务的组成部分等。在车辆承包协议中，这些要素往往并不具备，或者表现得不够明显。
实际情况分析：
- 在车辆承包协议下，运输司机通常拥有较大的自主权，他们自行决定运输路线、时间等，并不受个体工商户的严格管理。同时，他们的报酬往往是根据运输量或收益来计算的，而非固定的工资。这些特点都表明，车辆承包协议下的运输司机与个体工商户之间更接近于一种经济合作关系，而非劳动关系。
综上所述，个体工商户老板与运输司机签订车辆承包协议后，司机与个体工商户之间一般不存在劳动关系。当然，具体情况还需根据协议的具体内容以及实际履行情况来判断。如果你对此类问题有进一步的疑问或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。