首先，我们来明确一下你的问题。你提到的是关于甲方不续签乙方合同时，赔偿金额的计算问题，特别是关于加班工资的计算是否应按照合同里写的基本工资来执行。

结论前置：甲方不续签乙方合同时，赔偿金额中加班工资的计算应依据《劳动法》及相关规定，而非仅仅按照合同中的基本工资来计算。如果合同中的约定违反了法律法规，那么应以法律法规为准。

接下来，我们详细分析这个问题：

1. 合同约定与法律法规的关系：

   • 合同中关于加班工资的计算方式，如果符合《劳动法》及《劳动合同法》的相关规定，那么可以按照合同来执行。
   • 但如果合同中的约定低于了法律法规规定的标准（比如加班工资的计算基数低于了当地最低工资标准或者未按照法律规定的方式计算加班工资），那么该约定是无效的，应以法律法规为准。

2. 加班工资的计算方式：

   • 根据《劳动法》第四十四条的规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
     • 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
     • 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
     • 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
   • 因此，加班工资的计算应基于劳动者的实际工资（包括基本工资、奖金、津贴等），而非仅仅基本工资。

3. 甲方不续签合同的赔偿问题：

   • 如果甲方不续签乙方合同，且存在需要支付经济补偿金的情况（比如合同期满且不存在用人单位可以单方面不续签的情形），那么经济补偿金的计算也应基于劳动者的实际工资。
   • 加班工资作为劳动者工资的一部分，如果在合同终止前存在未支付的加班工资，那么这部分也应计入经济补偿金的计算基数。

综上所述，甲方不续签乙方合同时，赔偿金额中加班工资的计算应依据法律法规，而非仅仅按照合同中的基本工资来计算。如果合同中的约定与法律法规相冲突，那么应以法律法规为准。如果你在这方面还有具体的疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。