首先，我们要明确一点：员工不打招呼离职三年后再回来办理离职失业手续，这种情况在法律上可能较为复杂，且员工的某些权益可能已经受到影响。下面，我将从几个角度对此问题进行分析：
劳动关系是否自动解除：
- 根据《劳动合同法》的规定，员工连续旷工达到一定天数（通常由公司内部规章制度规定，且需合法合理），公司有权单方面解除劳动合同。因此，如果该员工三年未上班且未履行任何请假或告知义务，公司很可能已经按照相关规定解除了与其的劳动关系。
离职手续与失业金：
- 如果劳动关系已经解除，员工现在回来要求办理离职手续，公司应根据实际情况配合办理，但可能涉及一些法律程序，如确认劳动关系解除的时间、原因等。
- 关于失业金，员工是否能领取取决于其离职时的具体情况以及当地的失业保险政策。一般来说，如果员工是因个人原因（如主动离职且不符合领取失业金的条件）而离职，那么他可能无法领取失业金。但如果公司存在过错导致员工离职，且员工符合领取失业金的条件，那么他可能有权申请失业金。
法律建议：
- 对于公司来说，应首先查看内部的规章制度和劳动合同，确认劳动关系的解除情况，并据此决定是否配合员工办理离职手续。
- 对于员工来说，如果确实希望办理离职手续并了解失业金的相关事宜，建议他首先与公司进行沟通，了解公司的态度和立场。如果双方存在争议或无法达成一致，员工可以考虑咨询当地的劳动监察部门或提起劳动仲裁。
综上所述，员工不打招呼离职三年后再回来办理离职失业手续是一个相对复杂的问题，需要综合考虑多个因素。如果你或你所在的公司面临类似情况，建议尽快咨询专业律师以获取更具体的法律建议。