结论前置：半承包店有过期商品，上级扣工资是否合法，取决于扣工资的具体原因、方式以及是否有相应的合同或法律依据。如果没有合法依据或合同约定，随意扣工资是不合法的。

详细分析：

1. 合同依据：首先，要看半承包合同中是否有关于商品过期与工资扣除的相关条款。如果合同中有明确规定，且该规定不违反法律法规，那么按照合同执行扣工资可能是合法的。但如果合同中没有相关规定，或者规定本身违法（如违反了最低工资标准、扣罚过重等），则扣工资行为不合法。

2. 法律依据：根据《劳动法》和相关规定，雇主不能无故克扣员工工资。工资是员工提供劳动的报酬，应当按时足额支付。如果因为商品过期而扣工资，需要确保这一行为有明确的法律依据，否则将构成违法。

3. 扣工资的程序：即使合同中有相关规定，扣工资也需要遵循一定的程序。比如，应当提前告知员工扣工资的原因、数额和依据，并给予员工申辩的机会。如果未经这些程序就直接扣工资，也可能构成违法。

4. 建议：如果你认为扣工资行为不合法，可以先与上级沟通，了解扣工资的具体原因和依据。如果沟通无果，可以向劳动监察部门投诉，或者寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。

综上所述，半承包店有过期商品上级扣工资是否合法，需要具体问题具体分析。在没有合同依据或法律依据的情况下，随意扣工资是不合法的。如果你遇到了类似的问题，建议及时咨询专业律师，以维护自己的合法权益。