结论前置：一般情况下，因商品过期而直接扣除员工工资是不合法的，但具体是否合法还需根据实际情况来判断。

详细分析：

1. 工资支付原则：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这是工资支付的基本原则，任何非法定理由的扣减都可能构成违法。

2. 扣减工资的合法情形：

   • 扣减工资通常需要有合法的理由和依据，如员工违反公司规章制度、造成经济损失等，并且需要符合劳动合同的约定以及相关法律法规的规定。
   • 商品过期本身并不直接构成扣减员工工资的合法理由。除非能够证明员工在商品过期问题上存在故意或重大过失，并且这种过失直接导致了公司的经济损失，且这种损失与员工的工资支付有直接关联（这种情况较为罕见且需要严格证明）。

3. 商品过期与员工责任：

   • 商品过期可能涉及多个环节，如采购、存储、销售等。除非能够明确证明是员工在某一环节中的故意或重大过失导致商品过期，否则不能简单地将商品过期归咎于员工并扣减其工资。
   • 如果公司认为员工在商品管理上存在疏忽或不当行为，应当通过培训、警告、罚款（需符合公司规章制度且不超过法定限额）等方式进行处理，而不是直接扣减工资。

4. 法律后果与建议：

   • 如果公司未经合法程序和理由扣减员工工资，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司补发工资并可能获得赔偿。
   • 对于公司而言，应当建立健全的商品管理制度和员工培训机制，明确各环节的责任和义务，避免因商品过期等问题而引发不必要的劳动纠纷。
   • 如果员工认为自己的工资被非法扣减，应当及时收集证据（如工资条、扣减通知、公司规章制度等）并向相关部门投诉或申请仲裁。

特殊情况说明：

• 如果员工与公司之间有特别的约定（如员工自愿承担因商品过期等造成的部分损失），并且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么在这种情况下扣减工资可能是合法的。但这种情况需要严格的书面约定和明确的证据支持。

总结与建议：

• 一般情况下，因商品过期而直接扣除员工工资是不合法的。公司应当通过合法途径处理商品过期等问题，避免侵犯员工的合法权益。
• 如果员工遇到工资被非法扣减的情况，应当及时咨询专业律师（即向我咨询）或向相关部门投诉申请仲裁，以维护自己的合法权益。