关于“一天工作13个小时怎么补偿员工”的问题，首先我们要明确的是，工作时间超出法定标准工作时间（通常为每日8小时）的部分，应视为加班，并需按照相关法律法规进行补偿。以下是根据不同情况给出的具体补偿建议：

1. 加班费的计算与支付：

   • 根据《劳动法》规定，加班需支付加班费。具体计算方式通常依据劳动合同、集体合同或企业规章制度，但不得低于法律规定的最低标准。
   • 对于平日加班（即工作日延长工作时间），一般应支付不低于本人小时工资标准的1.5倍作为加班费。
   • 对于休息日加班又不能安排补休的，应支付不低于本人日或小时工资标准的2倍作为加班费。
   • 对于法定节假日加班，应支付不低于本人日或小时工资标准的3倍作为加班费。

2. 调休与补休：

   • 除了支付加班费外，企业还可以考虑与员工协商，通过调休或补休的方式来补偿加班时间。
   • 调休通常指将工作日与休息日进行调换，以平衡员工的工作与休息时间。
   • 补休则是指对于休息日加班的员工，在后续时间内给予相应的休息时间以弥补加班。

3. 其他补偿方式：

   • 除了上述直接的加班费和调休补休外，企业还可以考虑其他形式的补偿，如提供额外的福利待遇、晋升机会、培训机会等，以激励员工并弥补其因加班而可能产生的身心负担。

4. 注意事项：

   • 企业应确保加班补偿的合法性与合规性，避免违反相关法律法规而引发劳动争议。
   • 在制定加班补偿政策时，应充分考虑员工的实际需求和感受，确保政策的人性化和合理性。
   • 同时，企业也应加强员工加班管理，合理安排工作时间和任务量，尽量减少不必要的加班情况。

综上所述，对于一天工作13个小时的员工补偿问题，企业应根据相关法律法规和实际情况，综合考虑加班费的支付、调休补休的安排以及其他形式的补偿方式，以确保员工的合法权益得到妥善保障。如果您有具体的法律问题或需要进一步的咨询，请随时向我提问。