企业因为内部调查不允许辞职是不合法的。以下是对此问题的详细分析：

一. 劳动者的辞职权利

1. 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十六条和第三十七条，劳动者与用人单位协商一致，可以解除劳动合同。同时，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，也可以解除劳动合同。在试用期内，劳动者提前三日通知用人单位，即可解除劳动合同。这些规定明确赋予了劳动者辞职的权利。

2. 权利行使：劳动者在行使辞职权利时，只需按照法律规定履行提前通知的义务，无需用人单位批准。

二. 企业不允许辞职的违法性

1. 侵犯权益：如果企业因为内部调查不允许员工辞职，这实际上是侵犯了劳动者的合法权益，违反了《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定。

2. 法律后果：企业没有权利限制员工的辞职自由，员工在履行了提前通知的义务后，应当被允许离职。如果企业坚持不允许员工辞职，员工可以通过法律途径来维护自己的权益，如向当地的劳动监察部门投诉，或者寻求劳动仲裁和法院诉讼等方式来解决争议。

三. 特殊情况

1. 特定服务期限与竞业禁止：虽然存在一些特殊情况，如员工与单位签订了包含特定服务期限的劳动合同，或者涉及商业秘密和竞业禁止等条款，员工在合同期限内离职可能会受到一定限制。但这些限制必须在法律允许的范围内，并且不能违反劳动法的基本原则。

2. 公职人员例外：根据《公职人员政务处分法》的规定，公职人员在被立案调查期间，不得辞去公职。而根据《监察法》第十五条的规定，公职人员的范围包括国有企业管理人员。因此，与国有企业建立了劳动关系的管理人员或干部在接受有关部门立案调查期间是不能单方辞职的。但这一规定不适用于非公职人员的普通劳动者。

综上所述，企业因为内部调查不允许辞职是不合法的。劳动者在符合法律规定的条件下有权依法辞职，企业应当尊重并保障劳动者的这一权利。如有进一步需要，您可以继续咨询我。