结论：在公司内部调查期间，员工是可以申请辞职的。

分析说明：

1. 员工辞职的法定权利：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工享有辞职的法定权利。员工可以提前三十日以书面形式通知用人单位，解除劳动合同。在试用期内，员工则只需提前三日通知用人单位即可。这一规定并未将公司内部调查作为限制员工辞职的情形。

2. 公司内部调查的性质：

   • 公司内部调查通常是公司为了了解某些情况或解决某些问题而进行的内部活动。它并不具有法律上的强制力，也不构成对员工辞职权利的限制。员工在面临公司内部调查时，仍然有权根据自己的意愿和职业规划选择辞职。

3. 辞职与内部调查的相互影响：

   • 员工辞职可能会对公司内部调查产生一定影响，特别是如果员工是调查的关键对象或掌握重要信息。然而，这种影响并不构成法律上的障碍，阻止员工辞职。公司可以通过其他合法手段继续调查，如与在职员工沟通、收集相关证据等。

4. 辞职的注意事项：

   • 虽然员工在公司内部调查期间可以辞职，但建议员工在辞职前仔细考虑自己的决定，并评估可能产生的后果。例如，员工可能需要与公司协商解除劳动合同的具体事宜，包括工资结算、经济补偿等。此外，员工还应确保自己的辞职行为不会违反与公司签订的保密协议、竞业限制协议等。

法律建议：

• 如果员工决定在公司内部调查期间辞职，建议提前与公司进行沟通，明确辞职的意愿和原因，并协商解除劳动合同的具体事宜。
• 员工应确保自己的辞职行为符合法律法规和公司规章制度的规定，避免因辞职行为不当而引发法律纠纷。
• 如果员工在辞职过程中遇到任何问题或困难，可以及时向专业律师咨询，以维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果员工按照法定程序辞职，且没有违反与公司签订的协议或公司规章制度，那么员工通常不会承担任何法律责任。
• 如果员工在辞职过程中存在违法行为或违反与公司签订的协议，那么员工可能需要承担相应的法律责任，如支付违约金、赔偿损失等。因此，员工在辞职前应仔细评估自己的行为可能产生的后果。