员工请假一天，但公司有半天是放假，应当扣除半天的工资。以下是具体的分析：

一. 工资扣除原则

• 工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，因此，当劳动者未提供劳动时，用人单位有权扣除相应的工资。
• 在本案例中，员工请假一天，但其中有半天是公司正常的放假时间，因此，员工实际未提供劳动的时间应为半天。

二. 法律依据

• 根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，劳动者提供劳动后，用人单位应支付劳动报酬。同时，用人单位也有权在劳动者未提供劳动时扣除相应的工资。
• 虽然《中华人民共和国劳动法》第九十一条提到了用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者工资，但这是在劳动者已提供劳动的前提下。对于未提供劳动的时间，用人单位有权按照实际出勤情况扣除工资。

三. 实际应用

• 在实际操作中，用人单位通常会根据员工的实际出勤情况来计算工资。如果员工请假一天，但其中有半天是公司放假，那么用人单位应当只扣除员工实际未出勤的半天的工资。

综上所述，员工请假一天，但公司有半天是放假，应当扣除半天的工资。这是基于工资扣除原则、法律依据以及实际应用得出的结论。如有进一步需要，您可以继续咨询我。