无法直接判断2003年建的厂房是否属于违建，需要具体分析多种因素。以下是针对此问题的详细分析：

一. 土地性质与建筑合规性

1. 土地性质：根据问题描述，土地性质为工业用地，且持有的是农村经营权证。这表明土地原本可能用于农业经营，但后来转变为工业用地。
2. 建筑合规性：要判断厂房是否违建，需考虑厂房建设时是否获得了相应的规划许可、建设许可等合法手续。若建设时未取得合法手续，或违反了当时的规划、建设法规，则可能被视为违建。

二. 时间因素与法律适用

1. 时间因素：厂房建于2003年，需考虑当时的相关法律法规和政策。若当时的法律法规允许在工业用地上建设厂房，且建设过程符合规定，则厂房不属于违建。
2. 法律适用：随着法律法规的更新，对于建筑合规性的要求也可能发生变化。因此，需参考厂房建设时的法律法规，以及后续是否有相关法规的追溯适用。

三. 其他相关因素

1. 土地转换流程：若土地从农业用地转换为工业用地，需确保转换流程合法，且已办理相关手续。否则，即使厂房本身建设合规，也可能因土地转换问题而被视为违建。
2. 规划变更：若厂房建设后，周边规划发生变更，导致厂房所在区域不再适合工业用途，也可能影响厂房的合规性。

综上所述，要判断2003年建的厂房是否属于违建，需综合考虑土地性质、建筑合规性、时间因素、法律适用以及其他相关因素。我建议您查阅当时的法律法规、规划许可文件等，或咨询当地相关部门以获取更准确的判断。如有进一步需要，您可以继续咨询我。