结论：关于村民与村委会1999年签订承包合同，土地性质为建设用地，所建厂库房是否算违建的问题，不能一概而论，需结合土地性质、规划许可、合同内容及实际使用情况等多方面因素进行综合判断。

一、土地性质与规划许可

1. 土地性质：

   • 若该土地确实为建设用地，且符合当地土地利用总体规划，那么在该土地上建设厂库房，从土地性质上看，并不直接构成违建。但需注意，即使是建设用地，也需按照规划用途使用，不得擅自改变土地用途。

2. 规划许可：

   • 无论土地性质如何，建设厂库房均需取得相应的规划许可。若未取得规划许可或违反规划许可的内容进行建设，则可能构成违建。因此，需核查该厂库房是否取得了合法的规划许可，以及是否按照许可内容进行建设。

二、合同内容与实际使用情况

1. 合同内容：

   • 承包合同中应明确约定土地用途、建设内容等关键条款。若合同中明确允许在该土地上建设厂库房，且该建设符合合同约定，则从合同角度看，不构成违建。但需注意，合同内容不得违反法律法规的强制性规定。

2. 实际使用情况：

   • 需核查该厂库房的实际使用情况是否与合同约定及规划许可相符。若实际使用情况与合同约定或规划许可不符，如超出了约定的建设范围或改变了土地用途，则可能构成违建。

三、历史遗留问题与政策变化

1. 历史遗留问题：

   • 考虑到该承包合同签订于1999年，可能存在历史遗留问题。如当时土地管理法规尚不完善，或存在地方性政策差异等。在处理此类问题时，需结合当时的历史背景和政策环境进行综合判断。

2. 政策变化：

   • 近年来，随着土地管理法规的不断完善和政策调整，对违建的认定和处理标准也可能发生变化。因此，在判断该厂库房是否构成违建时，还需考虑当前的政策环境。

四、法律建议

1. 核查相关证件：

   • 建议首先核查该厂库房的土地使用证、规划许可证等相关证件是否齐全且合法有效。

2. 咨询当地规划部门：

   • 可咨询当地规划部门或城市管理部门，了解该厂库房是否符合当地规划要求，以及是否构成违建。

3. 寻求法律帮助：

   • 若存在争议或不确定的情况，建议寻求专业律师的法律帮助，以便更准确地判断该厂库房是否构成违建，并制定相应的应对策略。

总结：对于村民与村委会1999年签订承包合同，土地性质为建设用地所建的厂库房是否算违建的问题，需结合土地性质、规划许可、合同内容及实际使用情况等多方面因素进行综合判断。若存在争议或不确定的情况，建议及时咨询专业律师以获取更准确的法律意见。有问题可以直接向我咨询。