劳动仲裁时没有确认用工主体，两年后仍可以尝试确认用工主体，但申请工伤认定可能已超过时效。下面我对此进行详细分析：
一. 确认用工主体的问题
对于确认用工主体，这通常涉及劳动关系的认定。在劳动仲裁过程中，如果未明确用工主体，意味着劳动关系的确认可能存在争议。然而，这并不影响你后续通过其他途径或再次申请劳动仲裁来确认用工主体。法律并未规定确认用工主体的具体时间限制，因此，即便两年过去，你仍然有权寻求确认用工主体。
二. 申请工伤认定的问题
时效问题：根据《工伤保险条例》的相关规定，申请工伤认定有一定的时效限制。通常情况下，职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。若用人单位未按规定提出工伤认定申请，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
你的情况：在你所描述的情况中，由于劳动仲裁时没有确认用工主体，且已经过去两年，很可能已经超过了申请工伤认定的时效。这意味着，即便你现在确认了用工主体，也可能无法再申请工伤认定。
三. 建议
尝试确认用工主体：尽管申请工伤认定可能已超过时效，但确认用工主体对于维护你的其他劳动权益仍然重要。你可以通过再次申请劳动仲裁或向法院提起诉讼等方式来确认用工主体。
咨询当地社保部门：关于工伤认定的时效问题，建议你咨询当地的社会保险行政部门，以获取最准确的信息和可能的解决方案。
我建议你尽快行动，先尝试确认用工主体，再咨询当地社保部门关于工伤认定时效的具体规定。如有进一步需要，您可以继续咨询我。