结论：在诉讼中确定了劳动合同主体后，仍然可以申请工伤认定，但需满足一定的条件并遵循相应的流程。

分析说明：

1. 工伤认定的基本条件：

   • 根据《工伤保险条例》的相关规定，职工在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害，或者因履行工作职责受到暴力等意外伤害的，应当认定为工伤。此外，还包括在上下班途中，受到非本人主要责任的交通事故或者城市轨道交通、客运轮渡、火车事故伤害的等情形。
   • 工伤认定的关键在于伤害是否与工作相关，而与劳动合同主体的确定与否无直接关系。只要伤害符合工伤认定的条件，无论劳动合同主体是否已确定，都可以申请工伤认定。

2. 劳动合同主体确定后的影响：

   • 劳动合同主体的确定，主要影响的是工伤赔偿的责任主体。一旦劳动合同主体确定，工伤赔偿的责任就明确由该主体承担。
   • 但这并不影响工伤认定的申请。即使劳动合同主体在诉讼中才确定，只要伤害事实存在且符合工伤认定条件，就可以申请工伤认定。

3. 申请工伤认定的流程：

   • 职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病后，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
   • 如果用人单位未按规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
   • 申请工伤认定时，需要提交工伤认定申请表、与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料、医疗诊断证明或者职业病诊断证明书（或者职业病诊断鉴定书）等材料。

特殊场景：

• 如果在诉讼中确定了劳动合同主体，但该主体对工伤认定有异议，或者拒绝承担工伤赔偿责任，那么工伤职工可以通过法律途径维护自己的权益，包括申请劳动仲裁或者提起民事诉讼等。

行动建议：

• 如果您在诉讼中确定了劳动合同主体，并且认为自己的伤害符合工伤认定的条件，那么建议您尽快向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
• 在申请过程中，如果遇到任何问题或者需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业的法律建议和帮助。