如果您在未满三个月的工作期间想要离职，但公司不同意，您可以按照以下步骤来处理这个问题：
首先，您需要明确自己的离职意愿，并与公司进行协商。在与公司沟通时，尽量以书面形式（如邮件或书面申请）来表达您的离职意愿，并说明离职的原因和离职日期。这样可以让公司更加清楚地了解您的决定，并为您提供一个正式的离职申请记录。
如果公司拒绝您的离职申请，或者未能在合理的时间内给予回应，您可以考虑向当地的劳动监察部门投诉。在投诉时，您需要提供与公司之间的劳动合同、工作证明以及其他相关证据，以证明您与公司之间的劳动关系以及您提出离职申请的事实。劳动监察部门将会对您的投诉进行调查，并在必要时对公司进行监管和处罚。
如果投诉无果，您还可以考虑提起劳动仲裁。劳动仲裁是一种解决劳动争议的法律程序，您需要向当地的劳动仲裁委员会提交申请书及相关证据，并等待仲裁结果。如果仲裁结果仍然无法满足您的需求，您还可以进一步向法院提起诉讼。
在处理这个问题时，您需要注意以下几点：
确保您的离职申请符合《劳动合同法》的规定。根据法律规定，劳动者有权提前通知解除劳动合同，但需要注意通知的期限和方式。
保留好与公司之间的所有沟通记录和证据，以便在需要时提供证明。
如果您在离职过程中遇到了任何法律问题或困惑，可以寻求专业的法律帮助或咨询当地的劳动法律机构。
总之，无论您在公司工作了多长时间，都有权提出离职申请。如果公司不同意您的申请，您可以通过协商、投诉或仲裁等方式来维护自己的合法权益。