针对您提出的“虚开发票检察院不予起诉了税务稽查局怎么处理”的问题，以下是一个清晰、详细且有深度的解答：

首先，需要明确的是，检察院的不起诉决定主要是基于刑事责任的考量，而税务稽查局则主要负责税务违法行为的查处和行政处罚。因此，即使检察院决定不起诉，税务稽查局仍然有权对虚开发票的行为进行独立的调查和处理。

具体来说，税务稽查局在接到虚开发票的举报或发现相关线索后，会进行详细的调查核实。这包括查阅相关账簿、凭证、合同等财务资料，以及询问相关人员、核实交易真实性等。如果经过调查确认存在虚开发票的行为，税务稽查局将依据《中华人民共和国税收征收管理法》及相关法律法规，对涉事企业或个人进行行政处罚。

处罚措施可能包括但不限于：追缴税款、滞纳金，处以罚款，甚至可能涉及税务行政处罚的其他严厉措施，如吊销税务登记证、禁止从事特定行业等。此外，如果虚开发票的行为构成犯罪，虽然检察院可能基于各种原因决定不起诉，但税务稽查局在行政处罚的同时，也会将案件移送公安机关，由公安机关依法进行刑事侦查和追诉。

总的来说，检察院的不起诉决定并不影响税务稽查局对虚开发票行为的独立调查和处理。税务稽查局将依据相关法律法规，对涉事企业或个人进行严格的行政处罚，以维护税收秩序和公平竞争的市场环境。因此，建议企业和个人在税务方面务必遵守相关法律法规，避免触碰法律红线。