公司申请补贴时，员工有权拒绝提供毕业证书。下面我将从法律角度详细解释这一点：

1. 员工个人信息的保护：

   • 毕业证书属于员工的个人隐私和个人信息，受到法律的保护。
   • 除非有明确的法律依据或员工自愿提供，否则公司无权强制要求员工提供毕业证书。

2. 公司申请补贴与员工个人信息的关联性：

   • 公司申请补贴通常与公司自身的经营情况、财务状况等相关，而与员工的个人毕业证书无直接必然联系。
   • 除非补贴政策明确要求员工提供毕业证书作为申请条件（这种情况较为罕见），否则员工有权拒绝提供。

3. 员工拒绝提供毕业证书的法律后果：

   • 员工拒绝提供毕业证书，并不构成对公司规章制度的违反，也不应受到任何形式的处罚。
   • 如果公司因此拒绝给员工发放工资或采取其他不利措施，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。

4. 建议与解决方案：

   • 如果公司确实需要员工提供某些个人信息以申请补贴，应事先与员工沟通并明确告知信息的用途和保密措施。
   • 员工在提供个人信息时，也应谨慎考虑并了解信息的用途和可能的风险。
   • 如果双方就个人信息的提供产生争议，可以寻求劳动监察部门或律师的协助进行调解或解决。

综上所述，员工有权拒绝提供毕业证书给公司用于申请补贴。如果公司因此采取不利措施，员工可以依法维护自己的权益。如果你有其他相关法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。