针对员工入职后迟迟不提交毕业证的问题，首先需要明确的是，任何单位和个人都没有权利扣留他人证件原件，这是人力资源社会保障部明确指出的，也是《劳动合同法》所规定的。毕业证作为员工的个人重要证件，其原件应由员工本人保管，用人单位在入职时如有需要，仅应要求员工出示以供查验，或要求提供复印或影印件，并在合适位置注明具体用途。

针对您提出的问题，以下是一些建议的处理步骤：

1. 沟通了解原因：

   • 与员工进行沟通，了解其迟迟不提交毕业证的具体原因。可能是员工对提交毕业证的要求存在疑虑，或者遇到了某些困难。
   • 向员工解释提交毕业证的重要性，以及公司对此的要求是基于法律法规和内部管理需要。

2. 明确公司政策：

   • 向员工明确公司的政策，即公司不会扣留员工的毕业证原件，只会要求提供必要的复印或影印件以供查验和存档。
   • 强调公司尊重员工的个人权益，不会侵犯员工的合法权益。

3. 提供替代方案：

   • 如果员工确实无法立即提供毕业证原件，可以考虑提供其他证明学历的文件或方式，如学信网的学历认证报告等。
   • 与员工协商一个合理的提交时间，并明确如果逾期未提交将可能产生的后果，如影响入职手续、薪资发放等。

4. 法律风险提示：

   • 向员工明确，如果公司要求扣留毕业证原件，这是违法的行为，员工有权拒绝并向劳动监察部门举报。
   • 同时，也提醒员工，如果其故意不提交毕业证或提供虚假信息，将可能承担法律责任和公司内部的纪律处分。

5. 跟进与反馈：

   • 在与员工沟通后，跟进其提交毕业证的情况，并及时给予反馈。
   • 如果员工在规定时间内提交了毕业证或提供了合理的替代方案，应尽快完成入职手续；如果员工仍未提交且没有合理理由，应根据公司政策进行相应处理。

最后，作为用人单位，应严格遵守法律法规，尊重员工的个人权益，避免采取任何违法或侵犯员工权益的行为。同时，也应加强内部管理，完善入职流程，确保员工的入职手续合法、合规、顺畅。