针对您提出的“员工入职时毕业证书找不到怎么办”的问题，这是一个涉及员工入职材料准备及学历认证的重要环节。以下是我为您提供的详细解答：
首先，如果员工在入职时发现毕业证书丢失或无法找到，不必过于担心，因为根据相关规定，毕业证书遗失后是可以补办学历证明书的，且学历证明书与毕业证书具有同等效力。
补办学历证明书的流程通常如下：
个人申请：员工需要向原毕业学校提出补办学历证明书的申请。这一步骤是启动补办流程的关键，员工需要明确表达自己的需求，并准备好相关申请材料。
学校开具学历证明书：原毕业学校在收到申请后，会核实员工的学籍信息，并开具学历证明书。这一过程中，学校可能会要求员工提供一些必要的证明材料，如身份证、入学花名册等，以验证其身份和学籍信息的真实性。
加盖“毕业证专用章”：按照“谁验印，谁审核”的原则，原毕业学校有关负责同志需要到省教育厅或原办理毕业证验印的省辖市（县）教育局加盖“毕业证专用章”。这一步骤是确保学历证明书具有法律效力的关键环节。
领取学历证明书：完成上述步骤后，员工就可以领取到与原毕业证书具有同等效力的学历证明书了。领取方式可能因地区和学校而异，有的可能要求员工亲自到学校领取，有的则可能支持邮寄服务。
针对您公司的入职流程，我建议如下：
提前告知员工：在入职通知中明确告知员工需要携带毕业证书原件进行入职手续办理，并提醒员工妥善保管好个人证件。
提供补办指导：如果员工在入职时发现毕业证书丢失，公司可以为其提供补办学历证明书的指导，包括补办流程、所需材料、办理地点等信息。
灵活处理入职手续：在员工补办学历证明书期间，公司可以与其协商灵活处理入职手续，如先办理其他入职环节，待学历证明书补办完成后补交相关材料。
确保合规性：在员工补办学历证明书并提交给公司后，公司需要核实其真实性，并确保其符合公司入职要求。
总之，员工入职时毕业证书找不到并不是无法解决的问题。通过补办学历证明书，员工可以顺利完成入职手续。公司也应该为员工提供必要的指导和支持，确保入职流程的顺利进行。