结论：公司以毕业证查不到为由不发工资，这一做法是不合法的。员工有权要求公司按时足额支付工资，并可以通过合法途径维护自己的权益。
法律背景与解释：
工资支付义务：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，公司有义务按时足额支付员工的工资，无论员工的毕业证是否能够查到。
毕业证与工资支付的关系：
- 毕业证是员工学历的证明，但它并不是公司支付工资的前提条件。公司不能因为无法查到员工的毕业证就拒绝支付工资。如果公司对员工的学历有疑问，可以通过其他合法途径进行核实，如要求员工提供学历认证报告等，但这并不影响公司按时支付工资的义务。
员工权益保护：
- 如果公司以毕业证查不到为由不发工资，员工可以首先与公司进行协商，要求公司支付拖欠的工资。如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，甚至通过诉讼途径来维护自己的合法权益。
法律建议：
与公司协商：
- 员工可以尝试与公司进行友好协商，明确表达自己的诉求，即要求公司按时足额支付工资。在协商过程中，员工可以提供自己的工作记录、考勤记录等证据，以证明自己已经为公司提供了劳动，应当获得相应的报酬。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对公司进行调查，并要求公司支付拖欠的工资。如果公司拒不执行劳动监察部门的决定，还可能面临更严重的法律后果。
申请劳动仲裁或诉讼：
- 如果劳动监察部门的介入仍然无法解决问题，员工可以考虑申请劳动仲裁或提起诉讼。在劳动仲裁或诉讼过程中，员工需要提供充分的证据来证明自己的诉求是合理的。如果仲裁或诉讼结果支持员工的诉求，公司将被要求支付拖欠的工资，并可能承担额外的法律责任。
可能法律后果：
- 如果公司被认定存在拖欠工资的行为，除了需要支付拖欠的工资外，还可能面临劳动行政部门的罚款、赔偿员工因此遭受的损失等法律后果。此外，公司的声誉和信誉也可能因此受到损害，影响公司的长期发展。
进一步思考：
- 员工在遇到类似情况时，应保持冷静和理性，不要采取过激的行为来维护自己的权益。相反，应该通过合法途径来解决问题，如与公司协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等。
- 同时，员工也应该加强自己的法律意识，了解自己的权益和义务，以便在遇到类似情况时能够更好地维护自己的权益。
总之，公司以毕业证查不到为由不发工资是不合法的行为。员工有权要求公司按时足额支付工资，并可以通过合法途径来维护自己的权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。