针对您提出的“应届毕业生体检不合格但是签了三方协议”的问题，以下是一些详细的建议和处理流程，希望能帮助您妥善解决这一困境。
一、解约处理
仔细阅读协议条款：
- 首先，您需要认真查阅三方协议中关于解约、违约责任以及因健康原因无法入职等相关条款，明确自己的权利和义务。
及时与用人单位沟通：
- 以书面形式（如邮件）将体检结果和无法入职的情况告知用人单位，并表达解约的意愿。保持沟通记录，以备后续需要。
协商解约具体事宜：
- 与用人单位就解约时间、是否需要支付违约金等关键问题进行协商。
- 如果协议中有明确规定因健康原因可以解约且无需支付违约金，那么应依据此条款进行解约。
- 如果没有明确规定，应争取用人单位的理解，尽量免除或减少违约金的支付。
正式办理解约手续：
- 根据协商结果，按照用人单位的要求办理正式的解约手续，这可能包括签署解约协议、归还已发放的物品等。
- 确保用人单位出具书面的解约函，其中应包含单位名称、毕业生姓名、毕业院校、解约原因、解约日期等信息，并加盖单位公章。
二、报到证处理
及时告知学校：
- 将解约情况及时告知学校的就业指导部门或相关部门，以便他们提供必要的帮助和指导。
处理原报到证：
- 原报到证因解约而作废。
- 携带解约函、原报到证等相关材料到学校就业指导中心申请办理新的报到证。注意报到证改派的期限，一般为毕业后两年内。
更新就业信息：
- 在学校的相关系统中更新您的就业状态为“未就业”或“待就业”，以便学校准确掌握您的就业情况。
三、档案处理
确认档案去向：
- 与学校就业指导中心和档案管理部门沟通，了解档案是否已经寄出以及目前的存放位置。
办理档案转递：
- 如果无新就业单位，可以向学校提出申请将档案转回生源地的人才交流中心。
- 如果找到新就业单位且具有档案保管权限或可委托当地人才交流中心保管档案，则需让新单位出具调档函，交给学校档案管理部门，以便将档案转递到新的档案保管机构。
跟踪档案动态：
- 在办理调档手续后，及时跟踪档案的动态，确保它已经被正确地调往新的存放地。
总结
处理因体检不合格而导致的三方协议解约、报到证及档案调动问题时，您需要保持与用人单位和学校的良好沟通，并遵循相关规定和程序进行操作。如有任何疑问或困难，可以咨询专业的法律人士或相关部门的工作人员寻求帮助。通过上述步骤的妥善处理，可以最大程度地保护您的权益。