关于三方协议体检不合格是否算违约的问题，需分情况讨论：
若三方协议中明确约定体检合格为入职前提，且体检不合格属于协议约定的解约情形：
- 在此情况下，体检不合格通常不构成违约。因为协议双方已就入职条件达成合意，体检不合格属于未能满足入职条件，按照协议约定，双方可协商解约，且无需承担违约责任。例如，协议中明确规定“若乙方体检不合格，本协议自动解除，双方互不承担违约责任”，那么当乙方体检不合格时，协议即按约定解除，乙方无需支付违约金。
若三方协议中未明确约定体检合格为入职前提，或未约定体检不合格的解约条款：
- 此时，体检不合格是否构成违约，需结合具体情况判断。若用人单位以体检不合格为由拒绝录用，且该理由缺乏合理性（如体检项目与岗位需求无关），则可能构成违约。毕业生有权要求用人单位继续履行协议或承担违约责任。但若体检不合格确实影响到岗位履行（如患有传染病等），且用人单位能提供合理依据，则可能不构成违约。
针对体检不合格后的处理建议：
与用人单位协商：
- 主动与用人单位沟通，说明体检结果情况，争取获得理解。若因某些指标暂时不达标，可提出复查或治疗方案，争取再次考虑的机会。
- 若确实无法符合体检要求，需明确解约流程和责任划分。一般三方协议会约定违约责任，可能涉及支付违约金等事项，双方应就此达成一致意见。
依据协议规定处理：
- 仔细研读三方协议中关于体检不合格及违约的相关条款，了解双方权利和义务。
- 按照协议规定履行义务，如需支付违约金，应按约定时间和方式支付；若协议有其他处理方式（如重新安排岗位），也应积极配合。
档案处理建议：
未办理入职手续前：
- 若档案仍在学校，可向学校就业指导中心申请暂缓派遣，以便有更多时间处理后续事宜。
- 学校会根据毕业生的就业情况和相关政策管理档案，如为未就业毕业生提供档案暂存服务。
已办理部分入职手续后：
- 若档案已转递至用人单位或相关存档机构，可与这些机构沟通协调，将档案退回学校或转移至人才交流中心等存档机构。
- 转移档案时需提供相关证明材料，如解约函、体检报告等，以确保档案妥善保管和日后调阅使用。
总结与提醒：
- 体检不合格是否构成违约，需结合三方协议的具体约定和实际情况判断。
- 处理此类问题时，建议保持与用人单位和学校的良好沟通，遵循相关规定和程序操作。
- 如有任何疑问或困难，可直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和支持。