如果因为入职体检不合格，用人单位不签劳动合同，这样的做法在一定条件下是合法的。具体分析如下：

根据我国《劳动法》的相关规定，用人单位在特定情况下有权解除劳动合同，其中包括劳动者患病或者非因工负伤，在规定的医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的情形。这意味着，如果入职体检显示劳动者患有某种疾病或存在健康隐患，且该疾病或健康隐患可能影响其履行工作职责，用人单位在合理范围内有权选择不签订劳动合同。

然而，这一做法也受到法律的严格限制。用人单位在决定不签订劳动合同时，必须确保该决定是基于劳动者的健康状况确实无法胜任工作，并且已经尽到了合理的照顾和安排义务。如果用人单位仅仅因为劳动者的体检结果不合格就随意拒绝签订劳动合同，而没有进行进一步的评估或提供合理的工作安排，那么这样的做法可能会构成对劳动者的不公平对待，甚至可能违反法律的相关规定。

因此，对于“入职体检不合格，协议不签合同是否合法”的问题，不能一概而论。具体是否合法，需要根据劳动者的具体健康状况、用人单位的招聘需求以及相关法律法规进行综合判断。如果你在这方面遇到了问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况给出更详细的法律建议。