首先，农民工不辞而别影响现场施工，不能直接扣工资或其他费用。
在处理这个问题时，我们需要从法律的角度来分析。根据《劳动法》的相关规定，劳动者的工资是其提供劳动的报酬，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。因此，农民工不辞而别的行为虽然可能给现场施工带来影响，但这并不是用人单位扣减其工资或其他费用的合法理由。
那么，用人单位应该如何应对这种情况呢？
沟通协商：首先，用人单位可以尝试与农民工进行沟通，了解其不辞而别的具体原因，并尝试协商解决方案。通过沟通，双方可以增进理解，找到问题的症结，并寻求妥善的处理方式。
依据规章制度处理：如果用人单位有明确的规章制度，并且该规章制度已经过合法程序制定并公示，那么可以依据规章制度对农民工的不辞而别行为进行处理。但需要注意的是，规章制度的处理措施应当合理、合法，不能侵犯劳动者的合法权益。
寻求法律援助：如果双方无法协商达成一致，或者农民工的行为给用人单位造成了较大的损失，用人单位可以寻求法律援助，通过法律途径来维护自己的合法权益。
总结：农民工不辞而别影响现场施工，用人单位不能直接扣工资或其他费用。而应该通过沟通协商、依据规章制度处理或寻求法律援助等方式来妥善解决问题。在处理过程中，用人单位应当遵守法律法规，尊重劳动者的合法权益，确保处理结果的合法性和公正性。如果你在这方面有具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。