针对您提出的问题“只要签字按手印确认公司制度违法吗”，首先我们需要明确一点：签字按手印本身并不直接决定公司制度的合法性，而是作为一种确认行为，表明个人对公司制度内容的知晓和接受。现在，我们来详细分析这个问题。

1. 签字按手印的法律意义：

   • 签字是个人意志的体现，表明个人对某一事项或协议的认可和接受。
   • 按手印则是一种更为直接的身份确认方式，具有唯一性，通常用于不会写字或需要更高确认度的情况。
   • 在司法实践中，签名与按手印的结合被视为一种更为慎重和具有法律效力的确认方式。

2. 公司制度的合法性：

   • 公司制度的合法性主要取决于其内容是否符合法律法规、行业规范以及公司章程的规定。
   • 签字按手印只是员工对公司制度内容的一种确认方式，并不直接决定制度的合法性。

3. 签字按手印与公司制度合法性的关系：

   • 如果公司制度本身违法，即使员工签字按手印，也不能改变其违法的性质。
   • 签字按手印只是表明员工对制度内容的知晓和（可能的）接受，但并不构成对制度合法性的认可或保证。

4. 建议：

   • 在签署任何文件或确认任何制度之前，务必仔细阅读其内容，确保其符合法律法规和自身权益。
   • 如果对公司制度的合法性有疑问，建议咨询专业法律人士或相关部门进行确认。

综上所述，签字按手印本身并不决定公司制度的合法性。公司制度的合法性主要取决于其内容是否符合法律法规的规定。因此，在签字按手印之前，请务必确保所确认的制度内容合法、合规。