不是公司员工签订合作合同并签字按手印，该行为的合法性不能一概而论，需根据具体情况来判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合同主体资格问题

   • 合法情形：如果合同内容不涉及特定资质要求，且签字人虽非公司员工，但获得了公司的明确授权（如授权委托书），代表公司签订合同，那么该行为是合法的。此时，合同的权利义务由公司承担。
   • 非法情形：如果签字人未获得公司授权，且合同内容涉及公司业务范围或需要特定资质，那么签字人的行为可能构成无权代理或越权代理，合同效力可能受到影响，甚至可能引发法律纠纷。

2. 合同内容与目的

   • 合法情形：如果合同内容合法、目的正当，且签字人虽非公司员工，但合同双方均认可其签字效力（如双方事先有约定或事后追认），那么该合同可能被视为有效。
   • 非法情形：如果合同内容违法或目的不正当（如欺诈、串通损害第三方利益等），无论签字人是否为公司员工，该合同均无效，且签字人可能承担法律责任。

3. 签字按手印的法律效力

   • 一般效力：签字按手印是常见的合同签署方式，具有确认合同内容、表明签署人意愿的法律效力。但前提是签署人具备签署合同的资格和权限。
   • 特殊情形：如果签字人非公司员工且未获授权，其签字按手印可能无法产生代表公司签署合同的法律效力，除非公司事后追认或合同双方有其他约定。

法律建议：

• 对于公司而言，应明确授权范围，避免未经授权的人员签署合同，以减少法律风险。
• 对于个人而言，在签署合同前应确认自己是否具备签署资格和权限，避免因越权签署而承担不必要的法律责任。
• 如果合同涉及重要事项或大额交易，建议双方在签署前进行法律审查，以确保合同的合法性和有效性。

可能后果：

• 如果签字人未经授权签署合同且合同内容存在问题，公司可能面临合同无效、赔偿损失等法律风险。
• 签字人个人也可能因越权签署合同而承担民事责任，甚至刑事责任（如构成犯罪的情况下）。

如有具体法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。