员工不得以欠薪为由扣留公司货款拒不归还。

首先，从法律角度来看，劳动者与用人单位之间因劳动关系产生的债权债务关系，并不能成为劳动者留置用人单位财产的理由。留置权是平等主体之间实现债权的担保方式，而劳动关系中，劳动者与用人单位处于管理与被管理的不平等关系，因此，劳动者不能基于劳动关系对用人单位的财产行使留置权。

其次，劳动者如果认为用人单位存在欠薪等违法行为，应当通过合法的途径来维护自己的权益，比如向劳动监察部门投诉、提起劳动仲裁或诉讼等。这些途径都是法律为劳动者提供的正当维权方式，可以有效保护劳动者的合法权益。

最后，如果劳动者擅自扣留用人单位的货款或其他财产，不仅可能构成侵权行为，还可能面临法律责任。因此，建议劳动者在遇到欠薪等问题时，一定要保持冷静，通过合法途径来解决问题，避免采取过激行为导致不必要的法律后果。

总之，员工以欠薪为由扣留公司货款拒不归还是不合法的，应当通过合法途径来维护自己的权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。