公司以员工吃回扣为由不发工资，这一做法在法律上是不被允许的，员工有权要求公司支付应得工资。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、法律角度
工资支付义务：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。” 公司以员工吃回扣为由不发工资，属于无故拖欠工资的行为，违反了法律规定。
举证责任：
- 如果公司主张员工吃回扣，那么公司需要承担举证责任，即提供充分的证据证明员工确实存在吃回扣的行为。若公司无法提供有效证据，则不能以此为由拒发工资。
法律后果：
- 若公司违反法律规定，无故拖欠工资，劳动者可以向劳动行政部门投诉，劳动行政部门有权责令公司支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。
二、实际操作角度
与公司协商：
- 员工可以首先尝试与公司进行协商，要求公司支付应得工资。在协商过程中，员工可以要求公司提供所谓的“吃回扣”证据，若公司无法提供，则应支付工资。
申请劳动仲裁：
- 如果协商无果，员工可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。在仲裁过程中，员工需要提供与公司的劳动合同、工资条等证据，以证明自己的工资诉求。
提起诉讼：
- 若对劳动仲裁结果不满，员工还可以向人民法院提起诉讼，要求公司支付工资及可能的赔偿金。
三、建议与注意事项
保留证据：
- 员工应保留好与公司的劳动合同、工资条、工作记录等证据，以备不时之需。这些证据在协商、仲裁或诉讼过程中都将起到关键作用。
及时行动：
- 一旦发现公司以不合理的理由拒发工资，员工应及时采取行动，避免超过法律规定的时效期限。
寻求专业帮助：
- 在处理此类纠纷时，员工可以寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益得到充分保障。作为专业律师，我可以为你提供详细的法律咨询和代理服务。
综上所述，公司以员工吃回扣为由不发工资是不合法的。员工有权要求公司支付应得工资，并可以通过协商、仲裁或诉讼等途径来维护自己的合法权益。如果你在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。