结论：公司以不盈利为理由克扣员工工资，这一行为在法律上通常是不被允许的。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
一、法律背景与规定
《中华人民共和国劳动法》相关规定：
- 根据《劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 这意味着，除非有法定或约定的理由，否则公司不得随意克扣员工工资。
《中华人民共和国劳动合同法》相关规定：
- 《劳动合同法》第三十八条规定，用人单位未及时足额支付劳动报酬的，劳动者可以解除劳动合同，并要求用人单位支付经济补偿。
- 这进一步强调了公司按时足额支付工资的法律义务。
二、公司不盈利能否作为克扣工资的理由
一般原则：
- 公司不盈利并不构成克扣员工工资的合法理由。公司的经营状况与员工的工资支付是两个独立的法律关系。
- 员工为公司提供劳动，公司应当按照约定支付工资，这是公司的基本义务。
特殊情况：
- 如果公司因经营困难确实无法按时支付工资，应当与员工协商，并可以依法向劳动行政部门申请延期支付。
- 但即使如此，公司也不能单方面决定克扣工资，而是需要与员工达成一致或按照法定程序进行。
三、员工应如何应对公司克扣工资
与公司协商：
- 员工可以首先尝试与公司进行协商，了解公司克扣工资的具体原因，并寻求解决方案。
向劳动行政部门投诉：
- 如果协商无果，员工可以向当地劳动行政部门投诉，要求劳动行政部门介入调查并处理。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果劳动行政部门的处理结果不满意，员工还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
四、可能的法律后果
公司面临法律责任：
- 如果公司被认定存在克扣工资的行为，可能面临劳动行政部门的处罚，包括罚款、责令支付工资等。
- 同时，公司还可能因违反劳动合同法而承担民事赔偿责任，如支付经济补偿等。
员工权益得到保障：
- 通过法律途径维权，员工有望追回被克扣的工资，并可能获得额外的经济补偿。
建议：如果你遇到公司以不盈利为理由克扣工资的情况，建议首先与公司进行协商，了解具体情况并寻求解决方案。如果协商无果，可以向当地劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁。作为专业律师，我擅长处理劳动纠纷领域的问题，如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。