公司涉诈案件中，检察院认定员工为从犯，并不意味着法院一定会这样判决。下面我将从几个方面详细解释这个问题：

1. 检察院与法院的职责区别：

   • 检察院是国家的法律监督机关，负责审查批准逮捕、提起公诉等，其对案件的认定是基于其调查取证和审查起诉的工作。
   • 法院是国家的审判机关，负责审理案件并作出判决。法院在审理过程中，会独立、公正地审查案件事实、证据和法律适用，不受检察院认定的约束。

2. 从犯认定的复杂性：

   • 从犯是指在共同犯罪中起次要或者辅助作用的犯罪分子。对于从犯的认定，需要综合考虑犯罪嫌疑人在犯罪中的地位、作用、参与程度、获利情况等多个因素。
   • 检察院在认定从犯时，会基于其掌握的证据和案情进行初步判断。但这一判断并非最终结论，因为法院在审理过程中可能会发现新的证据或事实，从而影响从犯的认定。

3. 法院的独立审判权：

   • 法院在审理案件时，会依法独立行使审判权，不受任何行政机关、社会团体和个人的干涉。
   • 因此，即使检察院认定某员工为从犯，法院在审理过程中仍会独立审查案件事实和证据，并根据法律规定作出判决。

4. 可能的判决结果：

   • 如果法院在审理过程中认为检察院认定的从犯确实符合从犯的条件，那么可能会作出相应的从犯判决。
   • 但如果法院认为检察院认定的从犯存在错误或不足，也可能会根据案件实际情况作出不同的判决，如认定为主犯、无罪或免予刑事处罚等。

综上所述，公司涉诈案件中检察院认定员工为从犯，并不意味着法院一定会这样判决。法院会独立审查案件事实和证据，并根据法律规定作出公正的判决。如果您或您的公司面临此类问题，建议尽快咨询专业律师，以便更好地了解案件情况和应对策略。