针对您提出的问题，关于员工发生工伤但公司没有认定工伤赔偿款应如何赔偿，以下是我为您提供的详细解答：

首先，如果员工在公司受伤，但公司未进行工伤认定，员工仍然有权获得赔偿。员工可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司承担工伤赔偿责任。在申请仲裁时，员工需要提供一系列证据来证明伤害与工作之间的关联，这些证据可能包括事故证明、医疗诊断、目击者证言等。

如果仲裁结果认为员工确实遭受了工伤，但公司未进行工伤认定，那么公司需要依法赔偿员工的医疗费、伤残补助等费用。如果员工因公死亡，公司还需要赔偿丧葬费、供养亲属抚恤金等。

另外，如果员工对公司是否认定为工伤有异议，或者对工伤认定的结论不服，员工还可以依法申请行政复议或向人民法院提起行政诉讼。这是员工的合法权益，也是确保员工获得公正赔偿的重要途径。

需要注意的是，员工在申请工伤认定或索赔过程中，应尽可能保留所有与工伤相关的证据，包括医疗记录、事故现场照片、目击者联系方式等。这些证据将有助于员工证明自己的工伤情况，并为自己争取到应有的赔偿。

最后，我想强调的是，工伤赔偿是一个复杂而敏感的问题，涉及到员工的切身利益。因此，在处理这类问题时，员工应尽可能了解自己的权益和相关的法律法规，以便更好地维护自己的合法权益。同时，如果员工在申请工伤认定或索赔过程中遇到任何困难或问题，也可以咨询专业的律师或法律援助机构寻求帮助。