政府机关在特定情况下是可以撤销不合法的合同的，同样，未经业主大会通过的合同，行政机关在符合法律规定的情况下也能撤销。下面我为您详细解释：

1. 政府机关撤销不合法合同的情况：

   • 行政协议，作为政府和行政相对人签订的协议，其本质上属于合同。因此，当该协议符合撤销条件时，政府可以依法撤销该协议。这些撤销条件通常包括因重大误解订立的、在订立合同时显失公平的，或者一方以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立的合同。

2. 未经业主大会通过的合同行政机关撤销的情况：

   • 如果该合同涉及到公共利益或者需要业主大会授权才能签订，那么未经业主大会通过，该合同可能存在效力问题。在这种情况下，行政机关作为监管者或者相关利益方，有权依据法律法规或者合同约定的撤销条件，对该合同进行撤销。
   • 撤销的方式通常包括协商解除和法定解除。协商解除需要合同双方达成一致意见，而法定解除则需要满足法律规定的特定条件，如因不可抗力致使不能实现合同目的，或者当事人一方迟延履行主要债务且经催告后在合理期限内仍未履行等。

综上所述，政府机关在特定情况下是有权撤销不合法的合同的，同样，未经业主大会通过的合同，在符合法律规定的情况下，行政机关也能进行撤销。如果您在具体案件中遇到相关问题，欢迎随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。